נולד לאביו רבי נחום הכהן ברזסקי, מחשובי חסידי רבי אהרן מנחם-מנדל מראדזימין.

התקרב לרבינו על ידי אחיו רבי מתתיהו, היה זה לאחר שנקלע לידיו של רבי מתתיהו ספר מכתבי מוהרנ"ת 'עלים לתרופה', הוא עיין בו ומול עיניו עלו דברי אמונה והתחזקות משיבי נפש, כמוהם לא ראה ושמע מימיו, מתוכן המכתב עלה, כי כותבו נרדף על צווארו ומוקף בתלאות רבות. רבי מתתיהו השתומם מכך שהכותב עובר סבל נורא שקשה ובד בבד מחזק את בנו בדבורי אמונה נשגבים כאלו. היה זה החסיד הגדול רבי יצחק ברייטר הי"ד, שהביא את שני האחים רבי מתתיהו ורבי יצחק גרשון לפני ולפנים והטעימם מאור האורות ומאז נקשרו ברבינו הקדוש לנצח.

באחת מנסיעותיהם לאומן, הביאו את אביהם רבי נחום עמם. ברבות הזמן התיישב רבי מתתיהו באומן, שם, ב'קלויז', עבד את ה' יומם ולילה באש שלהבת.

לפרנסתו, היתה לרבי יצחק גרשון בוורשה חנות בדים, אותה פתח שעות ספורות ביום בלבד, מכיוון שהיה קם בחצות ועוסק בתורה ותפילה עד לצהרי היום. אך עם זאת, ולמרות שהיתה חנותו רק אחת מתוך שורת חנויות בשוק הבדים בוורשה, צבאו תמיד קונים רבים על פתחה, כיון שידעו שאדם ישר הוא ולא יונה אותם.

בעל-תפילה נפלא היה. היה עובר לפני התיבה בקיבוץ דחסידי ברסלב שנוסד בלובלין לאחר שנסגר גבול פולין-רוסיה. תפילתו המיסה לבבות. מלובלין כולה באו אנשים לשמוע את תפילתו, היו בהם כאלה, שקבלה להם מאבותיהם לא להיכנס לבית מדרשם של חסידי ברסלב, והיו ניצבים ליד החלונות ומאזינים לתפילה הנרגשת כשמעיניהם זולגות דמעות התעוררות.

בחודש אלול תרפ״ג, בשכבו על ערש דווי, נכנסו חבריו לבקרו. לבם לא אבה להשלים עם פרידתו והם בירכוהו בכל לבם ונפשם, כי עד ראש השנה יקום מחוליו ושוב יזכו לשמוע את תפילתו הערבה בקיבוץ הקרוב בלובלין. אך רבי יצחק גרשון השיב להם: ״לראש השנה אני כבר מוזמן להתפלל אצל רבינו הקדוש…"

חודשיים בלבד קודם לכן, כתב רבי יצחק גרשון במענה לבנו ר' יעקב זאב שעלה לארץ ישראל ונכסף לאומן:

 "ואודות הנסיעה לאומן, איני יכול לכתוב לך כלל. כל אנ"ש יש להם כיסופים גדולים והשתוקקות לנסיעה, אלא שהגבולות עדיין סגורים היטב, השם יתברך ירחם עלינו, אולי יחוס אולי ירחם, אולי ירחם, אולי ירחם בזכות הצדיק האמת, נחל נובע מקור חכמה זכותו יגן עלינו ועל כל ישראל אמן…"

בי״ז באלול תרפ"ג, השיב ר' יצחק גרשון נשמתו לבוראו, כשבאותה שעה בנו יחידו ר' יעקב זאב עובד את בוראו בחיות ובהתלהבות עם חבריו בארץ הקודש, במירון. אנ"ש דוורשה שלחו גלויה לאנ"ש דארץ ישראל ובה כתוב לאמור:

״השם יתברך ינחם אותנו בתוך שאר אבלי ציון וירושלים, ונזכה לבשר בשורות טובות, ועל ידי זה נזכה לאמירת תהילים בהתעוררות, ובפרט בימי רצון האלו.

הנה מיגון ומדאבון רוח ולב מוכרחים אנו להודיע לכם מהסתלקות ידידנו החסיד והישר הר׳ יצחק גרשון הכהן ע״ה – אבי הבחור יעקב זאב הכהן הנמצא במחנכם. לאשר הוא בן יחיד, ואין לו קדיש אחר, לכן מצוה להודיעו, אך לאט לאט בחכמה, ולא בפתע פתאום ח״ו…״ (עיין ימי שמואל פרק פ״ו)

החסיד רבי יצחק ברייטר נהג ללכת אל קברו של רבי יצחק גרשון ולעשותו שליח למסור בקשתו לפני רבינו, באמרו כי 'המחובר לטהור – טהור' ומעלה יתרה לקברו של איש מאנשיו של רבינו.

בשנה האחרונה נתגלה קברו של רבי יצחק גרשון בבית החיים 'גענשע' שבמרכז העיר וורשה, עליו נכתב:

"פ"נ איש צנוע במעשיו, הלך בדרך תמים, נהנה מיגיע כפיו, מ' יצחק גרשון ב"ר נחום הכהן ז"ל מחסידי ברסלב, נפ' בש"ט (=בשם טוב) י"ז אלול תרפ"ג. ת.נ.צ.ב.ה. הנקרא ר' איטשע בזשעסקא"

סמוך אליו נמצא קברו של עוד אחד מחסידי ברסלב, רבי חיים משה ב"ר אהרן נחום הכהן גאנץ.