רבי שמואל שפירא נולד בירושלים העתיקה לאביו רבי שלמה יצחק, שמש וספרא דדיינא, ולאמו  בתו של רבי שמואל הומינר מייסד שכונת מאה שערים. מנעוריו התמיד בתורה בשקידה מופלאה, ופעם אחת סיים את כל פרק 'יש נוחלין' בליל-שישי אחד.

ראש ישיבת 'עץ חיים' שבה למד, הגאון רבי איסר זלמן מלצר, היה נוהג לקום לפניו, והתבטא עליו בשבחים מופלגים. יחד עם התמדתו העצומה, היה רבי שמואל מבקש ה' וירא חטא, מתייגע בתפילה בכוונה ושומר על עיניו מכל משמר.

בהיותו בן עשרים, נסתלק אביו לעולמו. בתקופה ההיא זכה רבי שמואל שפירא להתקרב לאורו של רבינו, על ידי רבי ישראל נחמן אנשין, בנו של רבי שמואל מאיר אנשין. הוא דבק בכל עוז ברבינו ובתורתו, ובחודש אלול נסע לראשונה בחייו למירון, שם בילה את רוב החודש בתורה ובתפילה, קימת חצות והתבודדות בהרים שסביבות ציון רשב"י זיע"א.

במירון פגש בחסיד הישיש רבי נתן חנה'ס מצפת, בנו של רבי יצחק מראיריד מתלמידי מוהרנ"ת. רבי נתן התגורר ב'מושב זקנים' במירון ועבד את ה' בצילו של רשב"י. הוא שש על המקורב הצעיר כמוצא שלל רב וישב עמו רבות, כשהוא משפיע עליו שיחות קודש וסיפורים מאנשי רבינו הקדוש, וניגוני דביקות מעוררי לב.

כעבור תקופה קצרה, הקים רבי שמואל שפירא את ביתו עם בתו של רבי יוסף-קדיש קרישבסקי מיקירי ירושלים. מיום ליום בלע בתשוקה נפלאה כל דיבור שמצא בספרי רבינו, ולבו התמלא התלהבות ברשפי שלהבת לבורא; ומגודל הרגשו במתיקות דברי רבינו, גמר אומר לפרוש ולהתרחק כמטחווי קשת מכל הבלי העולם הזה. בצימאון אין קץ היה שותה את דבריהם של זקני החסידים, מלקט כל עובדה ושיחה על עבודת ה' ומאמצם ללבו.

לפני כל שבת, היה רגיל לומר את ה'ליקוטי תפילות' על שבת, וכן לקראת כל חג ומועד, כגון פורים, פסח וכו'. לימים ביקש מאחד מבניו שילקט את כל התפילות לזמני השנה בספר מיוחד, משום שהדבר יביא תועלת מרובה לכלל אנ"ש, וכן עשה.

רבי שמואל מסר את נפשו פשוטו כמשמעו על קדושת עיניו ולא עשה חשבון כלל לעולם בעניין זה; ומרגלא בפומיה לומר: "אל תהי חכם בעיניך – בעניין שמירת העיניים אסור לעשות שום 'חכמות'".

בשנת תש"ח נלקח לשבי הירדני, יחד עם עוד רבים מדרי ירושלים העתיקה, לערבות ירדן. כל התקופה ההיא עד לשחרורם, עבד את ה' כמידת יכולתו, חרף הקשיים המרובים, ומסר נפשו על כשרות המאכלים וכדומה.

מיום שטעם רבי שמואל שפירא מאורו של רבינו, סלד מפני הכבוד והפרסום כמפני האש ולא אבה בשום אופן שיכבדוהו. תקופה מסוימת החלו אנשים לבוא אליו עם פדיונות כדי שיתפלל בעבורם, לאחר זמן נודע לו מי הפנה אותם אליו, כשפגש בו פרץ בבכי ואמר לו בכאב: "הרי מאז ומתמיד אנחנו חברים, מדוע אתה עושה לי את זה?!"

כיסופיו להשתטח על ציון רבינו הקדוש באומן לא ידעו גבולות; בחצות לילה היה בוכה זמן רב באמירת 'חצות' במילים: "בשערי ציון נעוף כיונים" ושוב ושוב חזר עליהם בניגון של תחנונים. בפורים אחד, מכר את כל חלק העולם-הבא שלו לרבי שמואל הורביץ, כדי שייתן לו בתמורה 'תיקון הכללי' אחד שאמר בציון רבינו.

משמים ראו את כיסופיו העזים וזיכוהו להגיע לציון רבינו עוד בתקופת שלטון הקומוניזם. בשנה האחרונה לחייו זכה להגיע מתוך מסירות-נפש בל תתואר לראש השנה לאומן. בריקודים במוצאי ראש-השנה, קם ממקומו, מתנער באופן מפליא ממחלתו וחולשתו העצומה, ורקד כרבע שעה במעגל מתוך שמחה ואושר אין קץ על שזכה להיות באומן בראש השנה.

בשביעי של פסח תשמ"ט, עלתה נשמתו הטהורה של רבי שמואל שפירא לגנזי מרומים ונטמן בהר-הזיתים.