רבי יצחק מנדל רוטנברג נולד בפולין בשנת תרנ"ה. ילד קטן היה כשהבחין במלמד שלו היושב מדי יום ולומד מתוך ספר כלשהו כשעיניו זולגות דמעות, לאחר מכן היה נועל את הספר במגירתו. המלמד היה אדם קשוח, ויצחק מנדל התפלא לראותו בוכה תוך כדי לימוד. סקרנותו התעוררה והובילה אותו לגילוי הספר הפלאי, 'השתפכות הנפש' שמו. כך החלה התקרבותו ל'נחל נובע מקור חכמה', כשאף אחיו ר' משה, עילוי ומתמיד עצום, זוכה להתקרב לחסידות ברסלב.

בסביבות שנת תרס"ח נסע ר' יצחק מנדל לאומן, שם פגש ברבי אברהם ב"ר נחמן חזן, שקרבו מאד ושח לו שיחות וסיפורים מרבינו ותלמידיו. הוא זכה גם להסתופף במחיצת החסיד המופלא רבי אלטר מטפליק הי"ד ולקבל ממנו מתורת רבינו. לאחר הטבח הנורא שהתחולל בטפליק, כשרבי אלטר נהרג על קידוש ה', ונודע שהמרצחים מאיימים להעלות באש את בתי היהודים יחד עם הקדושים, נסע תוך סיכון עצמי רב מרחק קילומטרים רבים עד לטפליק, התגנב בחשאי לבית רבי אלטר, נטל את גופו הטהור והביאו לקבר ישראל.

רבי משה אריה ביק, יליד מז'יבוז', סיפר שחסידי ברסלב מפולין היו מתאכסנים בבית אביו לאחר שהבריחו את הגבול בדרכם לאומן, ביניהם זכר היטב את רבי יצחק מנדל כנער צעיר החדור במסירות נפש.

לאחר מלחמת העולם הראשונה, עלה לארץ ישראל וייסד עם חבריו את המנין דחסידי ברסלב שהתקיים אז בביהמ"ד טשורטקוב. הוא היה בקי גדול בש"ס והיה מבאי ביתו של רבה של ירושלים רבי יוסף חיים זוננפלד, כן למד בחברותא עם הרב מטפליק רבי שמשון אהרן פולנסקי.

רבי שמואל הורביץ בספרו 'ימי שמואל' מתאר את פגישתו הראשונה איתו בצפת, בשנת תרפ"ג: "היה שם אחד שבא מחדש מחו"ל ולא הכרתיו עדיין, ושמו רבי יצחק מנדל, והוא שאל אותי אם אני מכיר את אלטר בן ציון. ובגלל שקרא לרבי אלטר בן ציון בשמו לבד בלי 'רבי', חשבתי שהוא מתנגד, על כן לא עניתיו. אבל לבסוף היינו ביחד במירון ועבדנו עבודת השם ביחד ורקדנו – ואז ידעתי שהוא מאנשי שלומנו" (פרק עט).

בהמשך מתאר רבי שמואל כיצד היה רבי יצחק מנדל משמח אותו ואת חבריו בניגוני ההתעוררות שהביא עמו, ובסיפוריו על עבודת ה' של אנשי שלומנו שזכה להכיר; ופעם אחת, כשדיבר איתם אודות ציון רבינו באומן, עורר בקרבם כיסופים עצומים לנסוע לשם עד שנמנו וגמרו להוציא זאת לפועל, והחסיד רבי שלמה קאוולער, שהיה כבר זקן, אמר שימכור את התכריכים שהכין ליום פקודתו ואת כל מטלטליו כדי לנסוע לאומן.

רבי יצחק מנדל רוטנברג התחבר עם אותם יחידי סגולה מחסידי ברסלב שעבדו את ה' בציון רשב"י במירון – כרבי אלטר בן  ציון קרוסקופ, רבי שמואל הורביץ, רבי ישראל דוב אודסר ורבי יעקב זאב ברזסקי – באהבת חברים מופלאה, עד שקשה היה להם להפרד איש מרעהו.

באחד ממכתביו של רבי יצחק מנדל לידידו רבי ישראל דוב אודסר, לאחר הולדת בנו, הוא כותב: "פליאה גדולה מאד בעיני שזה שני שבועות שנסעת לביתך ולא כתבת לי מאומה. אעפ"כ אני כותב לך, והשי"ת יתן לך שתגדלו למזל טוב בתוך כל בני ביתך לתורה לחופה ולמעשים טובים ויהיה מחסידי ברסלב…" בהמשך, הוא כותב לו שיחות יקרות ונפלאות ששמע מזקני אנ"ש, וחותם "ממני ידידך המחבבך בלב ונפש והמעתיר בעדך".

בידי רבי יצחק מנדל היה אוסף כתבי יד מגדולי אנ"ש, שאת חלקם קיבל מידידו רבי ישראל דוב. אוסף זה מצוי כיום בגנזך של ר' לייב'ל ברגר שיחי'.

לימים היגר רבי יצחק מנדל רוטנברג לאמריקה, שם, ברובע 'איסט סייד', המרכז היהודי הראשון בארה"ב, הקים את בית הכנסת של חסידי ברסלב.

נפטר בשיבה טובה בגיל תשעים ושש, ביום ה' באייר שנת תשנ"א.