פעם אחת שאל אותו אחד מבני הנעורים הקטנים איך להתבודד. ולמד אותו לומר לפני השם יתברך: ריבונו של עולם, רחם עלי וכו', כי הייתכן שיעברו ימי בהבל כזה, וכי בשביל כך נוצרתי.
אחר כך, באיזה עת, עמד זה האיש אחר כותלי רבנו זכרונו לברכה ושמע, שרבנו זכרונו לברכה בעצמו שפך את לבו לפני השם יתברך בדיבורים כאלו.

שני רעיונות מרכזיים מופיעים בתהליך של ההתבודדות, שלכאורה ניתן להפריד ביניהם: תפילה, וחשבון נפש על החיים והמעשים. מקורות רבים מראים על ההופעה של שני נושאים אלו בהתבודדות. לאורך הספר נראה בעזרת ה' באופנים שונים כיצד שניהם מתחברים ביחד, וכל אחד משלים את חברו.

כבר כאן, בסיפור המופיע בהקדמה לספר "השתפכות הנפש", מלמד רבי נחמן בצורה הפשוטה ביותר לנער קטן כיצד להתבודד, אבל בדרך השווה לכל נפש שבה גם רבי נחמן בעצמו מתבודד: תפילה על התקרבות לה', מתוך התבוננות פנימית על תכלית החיים.

אנו מוצאים הלכה מיוחדת ביחס לתפילה. בעוד לכל המצוות נדרשת הכנה והתבוננות לפני העשייה אך לא כחיוב מפורש בהלכה, הרי שלתפילה – ורק לה – נקבע הצורך של ההכנה כחיוב הלכתי שמופיע כבר במשנה (ברכות ה, א): "חסידים ראשונים היו שוהים שעה אחת קודם התפילה… כדי שיהיו מכוונים את ליבם למקום". ההכנה לתפילה זו ארכה שעה שלמה, כפי שכותב שם רבנו יונה. הכנה מרובה שכזו נמצאת רק לפני התפילה, בשונה ממצוות אחרות. גם מלשון הרמב"ם על נושא זה נוכל לראות את הייחוד שבהכנה זו בשונה משאר ההכנות. בעוד שלכל מצווה נדרשת התבוננות בתוכן המעשה, כאן כותב הרמב"ם שנדרשת כוונה מסוג אחר: "כיצד היא הכוונה? שיפנה ליבו מכל המחשבות" (הלכות תפילה, ג, טז). ובפירוש המשניות הוא כותב על מנהגם של החסידים הראשונים: "כדי להשקיט דעתם וליישב מחשבתם". כאן לא מספיקה ההתבוננות במהות התפילה או בנושאים הנוגעים לענייניה, כאן צריך להגיע לשקט פנימי מכל המחשבות. מדוע דורשת התפילה כוונה כזו?

"עיקר התחברות ודבקות לה' יתברך הוא על ידי התפילה… ותפילה לשון התחברות, כמו שכתוב "נפתולי אלוקים נפתלתי", תרגומו לשון התחברות" (ליקוטי מוהר"ן ח"ב, פד). משמעות המילה תפילה היא חיבור. כך היא דומה גם לשורש ט.פ.ל; דבר הנטפל ונדבק למשהו. אלא שחיבור זה אינו רק 'הדבקה' של שני גורמים שיכולים לעמוד כל אחד לכשעצמו. במקום אחר בליקוטי מוהר"ן מובא כי גם מה שנאמר בפסוק "היאכל תפל מבלי מלח" (איוב ו), הוא לשון של תפילה. מאכל תפל הוא מאכל הנדבק אל המלח, משום שכך נשלמת מהותו. במצב שהוא עכשיו, בלי טעם, הוא נתפס כטפל ובטל אל הדבר המשלים אותו – במקרה זה המלח. כך גם החיבור של התפילה נובע מתוך החיסרון אצל המתפלל, שגורם לו לבקש את ההשלמה שלו. אבל, בשונה מהשלמה רגילה בה כאשר הדבר המבוקש הושג, הדבר היום קיים לכשעצמו, בתפילה הקשר בין הנותן והמקבל נשאר גם אחרי ההשלמה והקבלה.

תפילה לא יכולה להיות רק בקשת השלמה כדי להתקיים לכשעצמי, כי אז לא הייתי תפל וטפל אל המקור אליו אני פונה. מקום החוסר שמניע את התפילה הוא עמוק יותר מצורך גרידא. הוא הבנה שלמה על המציאות שלי, ועל כמה שאחרי כל מה שיהיה לי, רק ה' יוכל להשלים אותי. זאת ההתחברות של התפילה- לא חיבור של שני עצמים שיכלו להתקיים לבדם, אלא חיבור של דבר שלא יכול להיות קיים לכשעצמו, דבר תפל בלי טעם, המבקש את התפילה, את החיבור למה שישלים אותו. ההשלמה תהיה בחיבור עצמו, ולא בקבלת הדבר המבוקש. "כי לא היתה תכלית התפילה שייענה, אלא להורות שאין בעולם למי שראוי להתפלל אלא לא-ל יתברך, ולהכיר שהוא חסר מכל וכל בזה העולם, ואין מי שימלא חסרונו אלא הוא יתברך" (בית אלקים, שער התפילה, ב).

המהלך הנפשי הזה של התפילה דורש שקט מהמחשבות. ריכוז בתוכן המעשה של התפילה לא יעזור כדי להגיע לכוונה המלאה של התפילה. כדי לגלות את המקום החסר שבי שדורש מעצמו את ה', צריך להפסיק את ריצת המחשבות הפנימית. כל זמן שהיא רועשת, אפילו אם היא מרוכזת בתוכן התפילה ולא חושבת על דברים אחרים, היא משאירה את האדם במצב נפשי של פעולה, של השלמה עצמית. בשעת התפילה האדם שב למקור הקיום והישע שלו, וכדי להגיע לשם הוא צריך להיות בשקט מעצמו, וכך ירגיש את החוסר הפנימי שלו שמוסתר במהלך היום, ומשם יוכל להתפלל באמת. כל עוד המחשבות אינן שקטות, לא נתגלה מקום החוסר שיושלם עם המלא, עם ה'.

זמן כזה של תפילה הוא זמן מיוחד לחשבון נפש. דווקא מתוך המעמד של התפילה אפשר להרחיב את הבחינה העצמית לכל תחומי החיים, ולהסתכל על כל החסרונות שלי בעין פקוחה בלי הסתרות. עכשיו אפשר לראות מה באמת יישאר ממה שאתה, לאיזו תכלית חייך מכוונים, והאם אתה באמת בדרך לשם. אותו זמן של שקט המחשבה, השקט מעצמך, הוא הזמן לגלות את האמת המלאה על כל קיומך ולדעת עד כמה הוא חסר. כל אדם במקום הזה יכול להבחין בעובדה ברורה על המקום אליו הולכים חייו, ומקטן ועד גדול כולם יכולים להתעורר לאמת החודרת ולבקש שהחיים לא יעברו בהבל, בדמיון. וגם את החיסרון העצום הזה, אותו האדם רוצה לכסות ולהסתיר במשך היום, מביא האדם לידי השלמה בשעת התפילה האישית – ההתבודדות. גם את זה ה' יכול להשלים, ולהביא את האדם אל מהותו הנצחית והאמיתית.

זהו פתח קטן וזעיר לעולם מלא של ההתבודדות. כל חיסרון בא לידי הכרה מלאה כאן, בלי שום ניסיון לטייח ולכסות חורים פעורים בנשמתנו. הבחינה חודרת לכל רבדי האישיות. אבל באותה עת היא גם מוצאת את ההשלמה של כל אלו, ומביאה להכרה שהחיים התפלים שלי צריכים רק תפילה.